XII. yüzyıldan itibaren İngiltere ve Fransa, Roma Hukuku'na dayanan bir yönetim seçenekleri geliştirmiş ve Papalık'tan bağımsız hareket edebilmekte. Bu da Avrupa'da kilise ile krallık mücadelesini doğurmuştur. Kilise, güç kaybına devam etmiş ve inandırıcılığını kaybetmiştir.
XV. yüzyıldan itibaren halk arasında kiliseye karşı eleştiriler artmaya başladı ve bireysel siyasi mücadeleler başladı. Otuz Yıl Savaşları (1618-1648) Avrupa'da din alanında başlayan ancak arkasında bir takım siyasi, sosyal ve ekonomik gelişmelerin yer aldığı mücadelelerdir. İki temele dayanır; ilki Habsburg Hanedanı'nın Avrupa'da tek hakim güç olma iradesi, ikinci sebep ise Martin Luther'in (Martin Lutır) başlattığı Protestanlık hareketidir. Martin Luther'e taraftar olan Hrıstiyanlara “Protestan” denilmiştir. Protestanlarla Alman imparatoru arasında yirmi beş yıl süren bir savaş sonrasında 1555'te Augsburg (Ogsburg) Antlaşması imzalanmıştır.
Protestan mezhebi ve kilisesi Almanya'da resmi olarak dağıtılmaktadır. Augsburg Antlaşması biri Protestan kardeşi Katolik olmak üzere iki Almanya'yı ortaya çıkarmıştır. Avrupa geneline değişmeye başlayan Lutherci hareketlere karşı Papalık, Katolik reformunu sürdürmek zorunda. Bohemya Bölgesi'nde Protestan Çekler ile Kutsal Roma İmparatorluğu arasında başlayan mücadele sürecinde İngiltere ve Hollanda da Protestanlar desteklendi. 1645'e kadar mücadeleler devam etmiştir. Otuz Yıl Savaşları'na dahil olan devletlerin çoğunluğunun değiştirilmesi ile barışın sağlanması. Martin Luther'in başkanlığında başlayan Almanya'daki hareketler sonrasında, Fransa'da Kalvenizm Hareketi, İngiltere'de Anglikanizm'de etkili olmuştur.
Vestfalya (Vestfalya) Barışı ile 24 Kasım 1648'de Otuz Yıl Savaşları sona ermiştir. Vestfalya Barışı, Fransa ile İspanya 1659'a kadar savaşmaya devam etti. Vestfalya Antlaşması'nın Sonuçları Protestanlık Katolikliğe denk sayıldı Protestanlığın ortadan insanlara yönelik gözlendiği son nokta konuldu.
Habsburg hanedanı zayıfladı, Almanya'da yerel hanedanlar öne çıktılar. Almanya'nın temelleri Vestfalya'da atıldı.
Antlaşma imparatorun prenslikleri üzerindeki otoritesini kısıtladı. Fransa'nın Hollanda ve Kuzey İtalya'nın genişlemesini arttı. Fransa'da monarşi sağlamlaştı. Hollanda ve İsviçre aralıklarını ilan etti. İmparatorluk gibi Papalık da güç kaybetti. Osmanlı Devleti Avrupa mezhep savaşlarına kendi sorunları nedeniyle katılmadı. Almanya'nın küçük prenslikleri bölünmüştü. Papa'dan yetki alan ve üst otorite olarak Vatikan'ı gören Avrupalı krallar kiliselerini “millî” bir hâle getirerek dini yönetim tekeline aldı ve devleti toprakları üzerindeki “mutlak egemen” hâline yükseltti.
Modern Devlet Tarihinin ilk döneminin toplumlar üzerindeki siyasi otoritenin geçmişi kayıtlara geçmiştir. Bununla birlikte modern devlet anlayışı Avrupa'da Vestfalya Antlaşması'ndan itibaren ortaya çıktı. Modern devlet anlayışında kilisenin, devletin ve toplumun üzerindeki etkisi azalmıştır.Modern devletlerde merkezî bir ordu bulunur ve merkezî otoritenin koyduğu hukuk kuralları her zaman geçerlidir